La più grande tra le isole Borromee è l'isola Madre, dominata da Palazzo Borromeo e ricoperta da giardini a terrazze. L'edificio, posto sulla sponda meridionale, è la maggiore delle residenze della famiglia milanese, presenta pianta ad elle e ha la facciata più lunga rivolta a mezzogiorno. Nel 1501 il conte Lancellotto Borromeo inizio i lavori sull'isola per trasformarla in residenza privata, ma fu solo con Renato Borromeo che il Palazzo acquisì la sua attuale forma, ad opera dell'architetto Pellegrino Tibaldi che vi lavorò a partire dal 1585. Del 1858 invece è la cappella sepolcrale, voluta da Vitaliano VIII.
Chi visita il Palazzo ha l'opportunità di ammirare degli autentici scorci di vita dei secoli passati, grazie all'allestimento di molte sale in stile e all' ausilio di manichini con vestiti d'epoca. I giardini occupano il resto dell'isola e sono popolati da uccelli esotici in libertà, come gli incantevoli pavoni bianchi dalle lunghissime e candide code e le numerose specie di fagiani. Sulle terrazze si possono trovare alberi rari e secolari tra i quali spiccano uno spettacolare cipresso del Kashmir e una palma Jubaea Spectabilis di ben 125 anni. Attraverso le siepi fiorite si dirama un dedalo di vialetti da cui è possibile ammirare specie botaniche più e meno recenti ed esotiche.